Ve většině případů může být zvýšení hmotnosti, které se rozvinulo v průběhu užívání hormonální antikoncepce, přičítáno nezdravému způsobu života, a ne hormonálním přípravkům. Ve zbývajících případech se může zvyšování hmotnosti předejít nebo zastavit správným výběrem hormonální antikoncepce. Nejmodernější antikoncepci, která zároveň obsahuje nejnižší množství hormonů, není třeba přisuzovat zapříčinění zvýšení tělesné hmotnosti.

V rozporu se všemi pověrami je to velmi vzácné onemocnění. Za rok se vyskytuje pouze jeden případ z milionu. Může být komplikováno břišním krvácením, které se vyskytuje u 10 % pacientek. Krvácení se léčí chirurgicky. Výskyt, a tedy riziko nádorů jater, které způsobují nitrobřišní krvácení, je nízké v porovnání s rizikem mimoděložního těhotenství, jehož vzniku hormonální antikoncepce zamezuje téměř ve 100 %.

Během užívání hormonální antikoncepce, zvláště v prvních měsících, se může objevit krvácení mezi menstruacemi (tzv. intermenstruační krvácení), nebo se pravidelná menstruace nedostaví. Tento jev není škodlivý a většinou po čase sám vymizí. Proto nepravidelné krvácení není důvodem k přerušení užívání hormonální antikoncepce. Pokud se tato nepříjemná situace opakuje, může být vyřešena výběrem jiného antikoncepčního přípravku.

Pokud je bolest hlavy příliš intenzivní, často se opakuje nebo je doprovázena poruchami zraku nebo sluchu, je třeba obrátit se na lékaře.

V některých případech se mohou objevit na pokožce "jaterní skvrny", zvláště na místech vystavených slunci. Tato kosmetická vada se může časem zhoršit, proto se v těchto případech doporučuje vysazení hormonální antikoncepce.

Některá hormonální antikoncepce vlivem svého složení nebo vlivem individuální citlivosti může způsobit pocit napětí prsů. Tento problém je obvykle přechodný na začátku užívání tablet, pokud přetrvává, doporučuje se změnit složení tablet.

Hormonální antikoncepce u zdravých žen neovlivňuje metabolismus cukrů. Díky nízkému obsahu hormonů v moderní antikoncepci mohou také ženy s cukrovkou antikoncepci užívat, samozřejmě pod náležitým lékařským dohledem.

Při pravidelné lékařské kontrole a léčbě hypertenze bez poškození cévních stěn není hormonální antikoncepce kontraindikována. Pokud má žena hraniční tlak nebo stabilizovanou hypertenzi, je vhodné volit takové složení antikoncepce, které lehce odvodňuje a tím pomáhá snižovat vyšší krevní tlak.

Kombinovaná antikoncepce aterosklerózu nezpůsobuje, ale naopak ji zpomaluje.

Hormonální antikoncepce nezpůsobuje vznik žlučových kamenů (cholelitiázu). Ale při jejich existenci se může zvýšit frekvence žlučníkových záchvatů. V případě, že žena má poruchu průtoku žluče následkem vytvoření kamenů v průběhu předchozího těhotenství (těhotenská žloutenka, svědění na celém těle), může se s vyšší pravděpodobností tento problém opakovat v průběhu užívání hormonální antikoncepce.